国民健康保険や介護保険のように、特定の収入で特定の事業を行う場合などに設ける会計です。
平成28年度は、5会計がありました。

国民健康保険特別会計

国民健康保険特別会計は、国民健康保険（国保）の運営に関する収入および支出を行うために設けられた会計です。
歳出としては、国保加入者の医療費の支払いや、後期高齢者医療保険・介護保険への拠出金、特定健診の費用などがあります。
歳入は、国保加入者が納付した国民健康保険税、国や県などからの補助金・交付金などを受け入れているほか、市からの財政支援を行うことにより収支を維持しています。

歳出

歳入

国保財政の状況

国保は、自営業の人や職場の社会保険に加入していない人が加入する健康保険で、会社などの退職後に加入した60歳以上の人の割合が高くなっています。
国保から支出した費用の大部分は、国保加入者の医療費（保険給付費）が占めていて、その額は加入者1人当たり年間28万4千円となっています。また、一般会計からの繰入金8億2,214万6千円のうち、1億5千万円は歳入不足を補うために行いました。
国保の財政は、大変厳しい状況にあります。医療費が増加すると、市の財政負担が大きくなり、結果的に国民健康保険税の増税にもつながります。医療費の支払いを少しでも減らすため、定期的な健診の受診と日ごろの健康管理を行うなど、皆さんの協力をお願いします。